Licencias médicas: el iceberg financiero que los municipios todavía no miran completo
29.09.2026
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29.09.2026
El autor de esta columna sostiene que, detrás del abuso individual de licencias médicas, existe una pérdida sistemática y mucho mayor de recursos públicos municipales: los municipios no logran cobrar íntegramente los reembolsos por subsidio de incapacidad laboral (SIL) que la ley les reconoce, una brecha que estima en $424,4 mil millones solo en 2025. Concluye que «antes de declarar perdido un peso público, la autoridad responsable debiera saber qué se está perdiendo, por qué, frente a quién, qué gestiones se hicieron y si todavía existe una vía jurídicamente válida para recuperarlo».
Imagen de portada: Cristofer Devia / Agencia Uno
Las irregularidades detectadas en el uso de licencias médicas de funcionarios públicos y municipales son graves, y justifican la atención, fiscalización y sanciones adoptadas. Pero concentran la atención solo en la parte más visible del problema. Bajo la superficie existe otro fenómeno, menos llamativo, pero mucho más costoso: la pérdida sostenida de recursos públicos, porque las instituciones públicas y municipales no recuperan íntegramente los reembolsos que legalmente les corresponde, por remuneraciones pagadas a personal con licencia médica.
No es un problema nuevo. En 2013, ya advertíamos de su impacto en el desfinanciamiento de la educación municipal. En 2016, también lo relevaba el Observatorio del Gasto Fiscal. En 2020 se mostraba el impacto en municipalidades y corporaciones municipales. Y antes, en 2019, ante una comisión investigadora de la Cámara de Diputados, el entonces contralor general Jorge Bermúdez advirtió que existían “miles de millones” que instituciones públicas no habían cobrado por subsidios y calificó esa situación como gravísima. Cuando se le preguntó quién era responsable de gestionar esos recursos, respondió sin ambigüedades: el jefe del servicio. Años después, las preguntas siguen sin respuesta: ¿cuánto dinero público se deja de recuperar y por qué? ¿Por qué no se resuelve?
En el ámbito municipal, la magnitud merece especial atención. Tomando las remuneraciones informadas por el Sistema Nacional de Información Municipal (SINIM) para 2025, equivalentes a $8.484 billones; aplicando una incidencia aproximada de 10% de remuneraciones asociadas a personal con licencia médica, consistente con estadísticas DIPRES de ausentismo sectorial; descontando $67.900 millones estructuralmente no recuperables y $356.200 millones efectivamente recuperados, según informe de SINIM, la brecha financiera estimada alcanza a $424.400 millones. En un solo año. Y desde hace 30 años.
La metodología, con datos 2020-2021, y mismas fuentes oficiales, fue expuesta en un reportaje de CIPER el año pasado de marzo 2025, que estimó pérdidas municipales cercanas a $250 mil millones anuales.
Es una estimación, y debe leerse como tal. No significa que todo ese monto sea hoy un derecho financiero líquido, exigible y cobrable. Pero sí representa una diferencia de tal magnitud que resulta difícil justificar que no sea medida, conciliada, explicada y gestionada. El impacto financiero es real, y la evidencia da cuenta de casos en que el alcance real no está tan lejos de la estimación.
La explicación surge de una particularidad del empleo público y municipal. El funcionario con licencia médica continúa recibiendo su remuneración íntegra. El costo lo asume inicialmente el empleador. La Ley N° 19.117 reconoce a municipalidades y corporaciones municipales el derecho a recibir un reembolso de la institución pagadora, por una suma equivalente al subsidio por incapacidad laboral SIL (Subsidio por Incapacidad Laboral) que le habría correspondido al trabajador, si este hubiese tenido derecho a ello.
En otras palabras: el municipio paga primero y después debe recuperar. Ese segundo paso parece simple, pero depende de la autorización de la licencia (no siempre oportuna), antecedentes laborales y previsionales, cálculos correctos, información oportuna, conciliación contable y, cuando existen observaciones, de una gestión activa frente a las Cajas de Compensación, Isapres, Fonasa, Mutuales, Compin e, incluso, ante bancos e instituciones reguladoras como la Superintendencia de Seguridad Social (Suseso), las Superintendencia de Salud y la Comisión para el Mercado Financiero (CFM).
Y ahí aparece el problema. Por las debilidades de gestión y control de los propios empleadores municipales: falta de información consolidada; e incentivos insuficientes para perseguir derechos y créditos que no siempre son visibles. Pero también por actos y decisiones de instituciones administradoras y pagadoras, que no reconocen al empleador como el legítimo “acreedor” de la prestación, y que suelen reducir los cuestionamientos a “una simple interpretación de quien reclama”.
En la causa civil Rol C-8590-2021, seguida por Gestor Plus contra Caja Los Andes, la demanda indemnizatoria fue rechazada. El tribunal acogió excepciones de falta de legitimación activa y de prescripción respecto de determinadas pretensiones, y no tuvo por acreditados todos los presupuestos necesarios para conceder la indemnización solicitada.
Pero el mismo fallo dio por asentados hechos que no desaparecen por el rechazo de la demanda. En su considerando décimocuarto, el tribunal concluyó que, la Caja “no ejecutó, debidamente, un proceso oportuno y eficiente, respecto de las solicitudes de reembolso de las municipalidades y corporaciones representadas”, y asentó que “demoró excesivamente los procesos, por falta de coordinación o negligencia de su parte”. Más adelante, el considerando vigesimoctavo fue todavía más directo: tuvo por acreditado que la Caja “retardó, indebidamente, los procesos de gestión de licencias y pago de reembolsos”, sin respuestas oportunas o sin fundamentar eventuales rechazos.
La SUSESO ha ido más allá en la discusión regulatoria. Una presentación de Chileduc recogió problemas y casuísticas observados en la gestión de reembolsos de numerosas entidades municipales. Para efectos de análisis y seguimiento, el pronunciamiento se concentró en las corporaciones municipales de Iquique y Lo Prado, con las cuales existía continuidad de gestión, e información actualizada, lo que permitió reconstruir los casos y observar sus resultados en el tiempo.
Eso importa por una precisión: la instrucción concreta de SUSESO recayó sobre esas dos corporaciones. Pero los criterios jurídicos utilizados -sobre prescripción, gestiones útiles, errores administrativos, deber de diligencia y obligaciones de las entidades pagadoras- no aplican solo a estas entidades. Son determinantes para situaciones similares, sometidas al mismo régimen legal, en todas las municipalidades y corporaciones municipales del país.
En agosto de 2025, la SUSESO señaló, para distintos casos, que “el proceder de la Caja no es correcto”; reconoció determinadas actuaciones como “gestiones útiles” e instruyó a Caja Los Andes a efectuar una revisión global y exhaustiva de los reembolsos de Iquique y Lo Prado. La Caja interpuso un recurso de reposición. En junio de 2026, la superintendencia sostuvo que ese recurso no aportaba hechos nuevos y reiteraba argumentos ya analizados y descartados; afirmó que la prescripción no puede perjudicar al empleador cuando la imposibilidad de cobro deriva de errores administrativos o de “falta de gestión diligente de la entidad pagadora”, y agregó que no corresponde justificar inacción administrativa ni “desconocer derechos legalmente vigentes de municipalidades y corporaciones municipales”, cuando “los eventuales perjuicios financieros alegados derivan de prácticas administrativas sostenidas en el tiempo por la propia entidad recurrente”.
Nadie podría sostener que todo reembolso pendiente debiera permanecer indefinidamente vigente. La prescripción de cobro existe, y cumple una función de certeza jurídica innegable. Pero no puede utilizarse como una máquina que, sin más, transforma cualquier acreencia pendiente en una pérdida inevitable.
Los pronunciamientos de la SUSESO muestran por qué: el plazo no puede comenzar a correr mientras una licencia médica no se encuentre autorizada; existen gestiones, omisiones e inacciones capaces de impedir, revertir o interrumpir sus efectos; existen reembolsos denegados por errores administrativos de la COMPIN, o por falta de gestión diligente de la entidad pagadora, que no pueden, simplemente, trasladarse al empleador para, luego, extinguir su derecho a través de la prescripción.
Esto no significa que todos los casos pendientes deban pagarse. Pero demuestra algo muy importante para la gestión pública/municipal: existen casos considerados perdidos (prescritos) que pueden y deben ser reconstruidos y revisados antes de declararlos definitivamente irrecuperables. Dar por prescrita una acreencia no debiera ser el punto de partida del análisis, sino la conclusión de éste, jurídicamente fundada.
Aquí aparece una dimensión que suele omitirse. Recuperar derechos históricos resuelve sólo la mitad del problema. Si las causas que produjeron las pérdidas permanecen intactas, mientras se recupera una acreencia antigua puede estar naciendo una nueva pérdida.
El impacto financiero real tiene, por tanto, dos componentes que son sumables: recuperar recursos que fueron denegados o dados por perdidos, y corregir los procesos para impedir que nuevas acreencias terminen de la misma manera. El primero mejora caja y patrimonio sobre el stock acumulado. El segundo mejora estructuralmente el flujo futuro. Y ambos podrían sumar al flujo actual.
Pero hay más. El impacto financiero de ciertas “asimetrías” hace desigual el tratamiento de obligaciones recíprocas, reguladas por la misma norma, entre el empleador municipal y la institución previsional pagadora: el empleador paga reajustes e intereses cuando se atrasa en el pago de cotizaciones previsionales, y si no llegare a pagar, es demandado por la institución previsional pagadora, lo que incrementa el impacto financiero con multas, costas, retenciones y embargos de fondos. Pero, la institución pagadora no le paga reajustes e intereses al empleador cuando cancela los reembolsos fuera de plazo, y existiendo reembolsos SIL pendientes de recuperar que podrían compensarse con deuda de cotizaciones previsionales, ello no ocurre por desconocimiento del empleador y por falta de reconocimiento de la deuda desde la institución pagadora. Y el efecto no es menor, si consideramos que a junio de 2025 la deuda previsional consolidada de empleadores municipales llegaba a $512 mil millones de pesos, apenas un poco más de solo una brecha anual.
Entonces, parece obvia la necesidad de resolver estos impactos, pero eso tiene una condición previa: identificar y reconocer (o descartar) el problema como propio. Y eso exige trazabilidad por licencia, conciliación entre remuneraciones y reembolsos, identificación de causales de rechazo, seguimiento de plazos, revisión de prescripciones, y capacidad institucional para controvertir decisiones cuando existan fundamentos suficientes.
La peor pérdida es la que no se ve. Si el empleador municipal no identifica el crédito, la institución pagadora lo observa, nadie reconstruye el caso, el tiempo transcurre, y termina considerado como prescrito, sin haber aclarado nunca su origen. Entonces, la pérdida se materializa, termina “inflando” el costo de personal del municipio o corporación, y el sistema público la sepulta, al no reconocerla como prestación social.
El problema no tiene un único responsable. Hay entidades municipales que no conocen suficientemente sus derechos financieros, no concilian, no hacen seguimiento, no reclaman, no perseveran en sus gestiones. Hay debilidades históricas en la COMPIN. Existen asimetrías estructurales y de información, con responsabilidades distribuidas entre varios actores. Y existen, también, actuaciones de instituciones pagadoras y administradoras que tribunales o el regulador han debido objetar y/o corregir.
Caja Los Andes aparece en esta columna porque existen una sentencia y pronunciamientos administrativos concretos que permiten examinar hechos y criterios verificables. No porque el problema se agote en esa institución. Convertir una falla estructural del sistema en una controversia entre dos actores sería perder de vista precisamente el iceberg.
La contradicción mayor está en otra parte. Los municipios reclaman —con razón— mayores recursos para enfrentar demandas crecientes; defienden el Fondo Común Municipal; y alertan sobre la estrechez financiera. Pero una parte relevante del sistema municipal, y público en general, no sabe, con precisión, cuánto dinero tiene en derechos financieros pendientes de recuperar, por qué no los recuperó, cuánto se perdió por causas evitables y qué proporción todavía puede rescatarse. Y no solo de este derecho financiero, que surge de la Ley 19.117, sino de muchos otros en la misma condición, como lo ha evidenciado, recientemente, la propia Contraloría General de la República.
El debate sobre licencias médicas no debiera agotarse en perseguir abusos individuales. También debe mirar el circuito financiero que existe detrás de cada licencia: cuánto paga el empleador, cuánto debe recuperar, cuánto efectivamente recupera, cuánto queda pendiente, por qué causal, y quién debe actuar. E incluso, conocer el destino de los fondos no recuperados.
La brecha anual estimada de $424.400 millones en 2025 no prueba que todo ese monto sea jurídicamente cobrable hoy. Pero sí prueba una diferencia financiera significativa que, sumada a la evidencia de denegaciones y prescripciones de reembolsos SIL improcedentes, no se debiera ignorar. Y no solo por su impacto financiero, sino porque refieren a pérdidas de recursos públicos que conllevan deberes de resguardo, control y rendición. Solo un año de brecha es casi equivalente a todo el déficit de la educación pública en Chile.
Por eso, la primera obligación, más que prometer recuperaciones, es hacer visible el derecho financiero, medirlo, conciliarlo, defenderlo cuando corresponda, y corregir las causas que complican o impiden su recuperación. Antes de declarar perdido un peso público, la autoridad responsable debiera saber qué se está perdiendo, por qué, frente a quién, qué gestiones se hicieron y si todavía existe una vía jurídicamente válida para recuperarlo.
Y, por último, el eslabón que faltaba: además de saber cuánto dinero público se podría recuperar, tanto o más necesario es saber cuánto dinero público se dejaría de perder, cada año, si se identificaran y corrigieran las causas.
En un país con estrechez fiscal, déficits municipales persistentes y necesidades sociales crecientes, mirar sólo la punta del iceberg es “un descuido” que ha resultado demasiado caro. Para el Estado, para las instituciones municipales y, sobre todo, para su comunidad. Y ya es hora de ocuparse de ello.