“Cada vez que el virus infecta a una persona, tiene la oportunidad de cometer un error en su genoma y mutar”

Sharon Peacock dirige el consorcio Covid-19 Genomics. Esta semana no trajo buenas noticias para todos los que esperan que las vacunas sean el fin de un año horrible. En una entrevista difundida por la BBC dijo que “deberán pasar 10 años para dejar de preocuparnos por el coronavirus y sus variantes» y manifestó una fuerte preocupación por la mutación detectada en su país. Dijo que la B117, como se la conoce, puede volverse dominante. Hoy esa cepa “está barriendo Reino Unido y barrerá al mundo con toda probabilidad”.

Traducción Emilia Guzmán

En esta entrevista, publicada en The Conversation, Sharon Peacock explica el trabajo de secuenciación genética que hace el consorcio Covid-19 Genomics que comanda y que le ha permitido a su país ser líder mundial en ese campo; también delinea las características de las variantes que hoy dominan la pandemia. Tal vez lo más importante de su mensaje es que en cada nueva persona infectada el virus tiene posibilidad de mutar y volverse más contagioso y letal. Las variantes detectadas en Reino Unido, Brasil y Sudáfrica son, hasta donde se sabe, más contagiosas. La de Reino Unido está resultando más letal (aunque el asunto aún se debate); y la de Sudáfrica ha mostrado superar la inmunidad que consiguieron las personas que se vacunaron o que se enfermaron con el virus original. El temor por el daño que pueden ocasionar estas variantes -y las mutaciones que desarrollen- ha llevado a Reino Unido a tomar medidas durísimas: los viajeros provenientes de una “lista roja” de países (entre los que están todos los sudamericanos) deberán pasar 10 días en un hotel sanitario que deben pagar ellos mismos. Y los que mientan sobre su historial de viajes recientes, arriesgan una condena de 10 años de cárcel. Los británicos no quieren cepas nuevas en su territorio. ¿Es este el nivel de restricciones que se harán comunes en el mundo este año?

¿Cuándo se le ocurrió la idea de crear Cog-UK? ¿Y cómo se formó?

A fines de febrero de 2020, fue evidente que íbamos a necesitar capacidades de secuenciación del genoma para enfrentar este nuevo coronavirus. Era predecible que el virus iba a desarrollar mutaciones que se tornarían problemáticas.  El 4 de marzo contacté a cinco colegas y les pregunté si estarían interesados en ayudarme a formar el consorcio de secuenciación. Una semana después nos reunimos en Londres con el objetivo de elaborar un plan. Había alrededor de 20 personas en esa reunión, entre ellos virólogos clínicos, expertos en genomas humano y patógeno, epidemiólogos e inmunólogos. Durante ese día, trabajamos en una “tubería de secuenciación”, de extremo a extremo, y debatimos si la secuenciación se haría centralizada o descentralizadamente o ambas; y quién haría qué. Al final del día, teníamos el plan y se lo presentamos formalmente a Sir Patrick Vallance, el principal asesor científico del gobierno. Todo esto avanzó con una rapidez inusual porque si tienes cuatro agencias de salud pública y muchos investigadores de diferentes instituciones, normalmente tomaría un año o más hacer algo como esto. Pero simplemente nos sentamos y lo hicimos. Así nació Cog-UK.

¿Cómo obtuvieron los fondos?

Sir Patrick Vallance y el profesor Chris Whitty, director médico de Inglaterra, tenían un «fondo de lucha contra COVID-19». Ambos revisaron nuestra propuesta y la apoyaron firmemente. También me puse en contacto con Sir Mike Stratton, director del Instituto Wellcome Sanger en Cambridge. Le pregunté a Mike si podían ayudarnos, ya que tienen la tecnología para realizar secuencias a gran escala. Dijo que sí y desde entonces Sanger ha contribuido mucho. Recibimos alrededor de £14.5 millones del gobierno, más fondos por parte de Sanger, lo que en conjunto dio un total de £20 millones (casi 20 mil millones de pesos chilenos). Comenzamos el 1 de abril, pero para entonces ya habíamos hecho muchas secuencias. Aproximadamente 260 secuencias de coronavirus ya habían sido realizadas.

Entonces, ¿las secuencias comenzaron antes del Cog-UK?

Como mucha gente poseía instrumentos de secuencia y pericia, ellos ya habían comenzado a trabajar. Hay instrumentos de secuencia en laboratorios por todo el país. Y, de hecho, no fuimos particularmente prescriptivos sobre los tipos de instrumentos de secuenciación que les pedimos a los laboratorios que usaran. La gente usaba lo que pensaba que les funcionaba bien.

¿Cómo reaccionaron otros científicos?

Fueron inmensamente solidarios. Algunas personas estaban preocupadas que el virus no desarrollara suficientes mutaciones como para que valiese la pena este esfuerzo. Eso significaría que terminaríamos secuenciando el mismo virus una y otra vez ya que el virus solo muta una o dos veces al mes. Lo que no habíamos considerado era que habría 100 millones de contagios, o mil millones, si se incluyen los no diagnosticados. Cada vez que el virus infecta a una persona, tiene la oportunidad de cometer un error en su genoma.

Consideramos el riesgo de falta de variación genética, pero continuamos. Lo que hicimos fue bastante audaz en ese momento.

¿Cómo funciona en la práctica este proceso que realizan, desde que alguien es examinado hasta que la secuencia se incluye en la base de datos compartida que contiene todas las secuencias mundiales de SARS-CoV-2?

Las muestras de laboratorio para COVID-19 en el Reino Unido tienen dos orígenes. El primero ocurre cuando una persona está hospitalizada por COVID-19 y su muestra es analizada en un laboratorio local.  En este momento Cog-UK recolecta muestras de alrededor de 90 laboratorios locales y las envía a centros de secuenciación regionales, lo que es un gran desafío logístico. Estas muestras son realmente importantes porque son de las personas más enfermas con COVID-19.

El segundo origen, son los exámenes que se realizan en los laboratorios Lighthouse, que se establecieron para analizar muestras en la comunidad. Estos se secuencian en el Wellcome Sanger Institute.

Cuando comenzamos, nuestro objetivo era secuenciar un mínimo del 10% de los exámenes que arrojan positivo. Hoy estamos por debajo de eso, pero esperamos llegar a alrededor del 20%, y seguir avanzando a partir de ahí. Hasta hoy hemos secuenciado entre el 45% a 48% de todos los genomas del SARS-CoV-2 en la base de datos de Gisaid (nota de la redacción: GISAID es una iniciativa científica que proporciona acceso abiertos a datos genómico del virus influenza y el coronavirus responsable de la pandemia de COVID-19)

-¿Otros países han comenzado a aumentar sus esfuerzos de secuencia?

Correcto. El país en el cual esperamos ver un gran cambio es Estados Unidos. Y sé que Alemania quiere aumentar su capacidad de secuencia. Pero hay espacios muy grandes en el mapa, sin secuenciación.

-Hay variantes preocupantes del coronavirus que han sido reportadas en los últimos meses. Entiendo que la variante inglesa, conocida como B117, fue observada en septiembre pero empezó a preocupar en noviembre. ¿Es eso correcto?

Sí, fue observada el 20 de septiembre. Inicialmente, había muy pocos casos de B117, y era una de cientos de variantes diferentes. No había motivos para preocuparse en ese momento. Es solo una vez que comienzas a aprender sobre lo que realmente implican las mutaciones, o cuando ocurre un evento, que empiezas a enfocarte en variantes específicas. Y con B117 ocurrió que el sistema de salud pública notó un aumento en los casos en Kent, lo cual fue extraño porque se había establecido una cuarentena y no hubo aumentos en otros lugares. Esa fue una observación sorprendente.

Ese aumento podría haberse explicado por el comportamiento humano o como un evento de alta transmisión. Fue en ese momento, hacia principios de diciembre, que quedó claro que no solo había un aumento de casos, sino que esos casos eran causados por B117. Al examinar esta variante vimos que tenía un genoma realmente sorprendente: registraba 23 mutaciones, muchas más de las que estábamos acostumbrados a ver. Fue entonces cuando los investigadores comenzaron a encontrar evidencia de que era más transmisible. Y tomó un poco más de tiempo poder estar seguros de que esta variante estaba realmente asociada con una mayor transmisión.

¿Por qué de pronto empezamos a percibir que estas mutaciones que le dan una ventaja al virus?

No es la primera vez que observamos mutaciones que le dan una ventaja al virus. A finales de marzo de 2020, notamos por primera vez en el Reino Unido una mutación en la proteína Spike, llamada D614G. Esto no estaba en el virus original, detectado por primera vez en China. Pero el virus que tenía esta mutación se expandió rápidamente y reemplazó a los otros linajes virales que circulaban en ese momento.

Hablamos de esto tempranamente en Sage (el grupo de asesores científico del gobierno británico). Y calculamos que esa mutación provocó un aumento en el R0, indicador que representa el número medio de personas infectadas por cada individuo infeccioso. Entonces supimos que este tipo de evento podría suceder; y que esa mutación era “una carrera de práctica” del virus y de variantes más serias que se aproximaban.

La mutación D614G le dio al virus un modesto aumento en la transmisibilidad. Pero se extendió por todo el mundo. Ahora está presente en casi todos los virus del SARS-CoV-2.

La siguiente variante que preocupó surgió en Dinamarca y estaba relacionada con la transmisión del SARS-CoV-2 entre el visón y las personas, conocida como la “variante del grupo 5”. Inquietaba la posibilidad de que la evolución del virus se hubiera acelerado al pasar a través del visón. Pero solo 12 personas en Dinamarca tenían esa variante. Entonces eso fracasó.

Una tercera variante preocupante emergió en España este verano. Parecía estar expandiéndose rápidamente en Europa. Un posible motivo para esto era una mutación particular en la proteína Spike. Pero con el tiempo llegamos a la conclusión de que se había expandido por el movimiento de las personas en sus vacaciones de verano. No había evidencia de que fuera más transmisible.

También informamos a Sage sobre otra mutación en la proteína Spike, en octubre pasado, llamada N439K. Y ese cambio en la proteína parece afectar la respuesta inmune de las personas, al menos según los experimentos de laboratorio.

Entonces, la idea de que las variantes acaban de surgir no es correcta. Hemos estado hablando de variantes desde los primeros días de la pandemia.

¿Aún está presente el virus original de Wuhan?

Los linajes del virus pueden expandirse y luego extinguirse, por lo que no esperamos que el mismo linaje necesariamente exista para siempre. Esto fue demostrado por una investigación en Gales y Escocia, donde compararon los linajes en la primera y segunda ola. En la primera ola, estos se importaron principalmente de Europa. En el verano, disminuyeron los casos y la mayoría de esos linajes originales desapareció. Luego, en la segunda ola, se introdujeron numerosos linajes nuevos desde el extranjero, lo que inició la segunda ola. Así que es un proceso bastante dinámico: los linajes que tienen ventajas adaptativas son los que probablemente circulan más en un determinado momento.

¿Existe un virus “tipo” con el que comparar los cambios? ¿Y es el virus original o la variante dominante actual?

El virus original secuenciado en Wuhan en enero de 2020 es el genoma de referencia. Pero es bastante confuso hacer comparaciones con ese virus porque diferentes grupos usan diferentes nombres y diferentes convenciones de nomenclatura. Espero que la Organización Mundial de la Salud nos ayude a alcanzar una nomenclatura internacional común.

Me preocupa que la gente nombre variantes a partir de dónde fueron identificadas por primera vez. La evolución no es una función de la geografía, es una función de la naturaleza. Tengo esperanzas de que dejemos de hablar de la variante del Reino Unido o la variante sudafricana. Yo intento decir “la variante detectada por primera vez en Sudáfrica”, porque podría resultar bastante estigmatizante a largo plazo.

Respecto de la mutación del virus, ¿cuál diría que es el mayor problema hoy? ¿La presión evolutiva que se genera al empezar a vacunar o la gran cantidad de personas infectadas en las cuales el virus tiene la oportunidad de mutar?

En este momento, pienso que lo importante es el número de casos, porque la variante detectada en Reino Unido emergió cuando las vacunas no estaban siendo administradas, pero cuando la cantidad de casos era alta. Y lo mismo en Sudáfrica y Brasil. Algunas personas me han preguntado: ¿usted cree que la vacunación llevó a que emergieran variantes del virus? Sin embargo, si se compara la relativamente pequeña cantidad de personas vacunadas, versus la gran cantidad de personas infectas (por sobre los 100 millones de personas) parece ser que el gran aliciente de la mutación es el número de oportunidades que el virus tiene de reproducirse.

Las personas dicen, ‘bueno, pero la vacunación va a llevar a la emergencia de nuevas variantes. Y sí, puede ser un impulso pero si tienes una población en que el 50% de la población ha sido infectado, y tienes la llamada “inmunidad natural”, no importa mucho cómo se consiguió esa inmunidad, el virus va a intentar buscar una fractura en esa armadura.

De las variantes actuales, ¿cuál es la más preocupante?

En este momento es la detectada en Sudáfrica. Ya ha sido reportada en 31 países e identificada en 750 secuencias hasta ahora. Y probablemente esos números están bastante subestimados porque pocos países alrededor de Sudáfrica tienen capacidad de secuenciar el virus. Esta variante parece ser más transmisible y reduce la efectividad de nuestra respuesta inmune, ya sea la adquirida por infección o vacuna.

La variante detectada en Brasil, P1, está también en la lista de observación. Tiene mutaciones que se asocian con mayor transmisibilidad y con capacidad de reducir nuestra respuesta inmune. Sin embargo, si se observa la propagación global de P1, no parece afianzarse en este momento. Hasta ahora se ha detectado en solo nueve países.

También estamos mirando qué mas puede emerger en las próximas semanas y meses. Estoy muy preocupada de que la variante B117 comience a ser la causa de casi todos los casos de Covid 19 en Reino Unido ¿Qué mutaciones se desarrollarán si eso pasa? Es probable que esta nueva variante comience a desarrollar una constelación de diferentes mutaciones en sus descendientes.  Y lo que estamos buscando es algo como la E484K, la “mutación de escape”, que se encuentra con más frecuencia en la variante B117.  (Nota de la redacción: E484K es una mutación que hace que el sistema inmune tenga dificultades para reconocer al virus disminuyendo por tanto su neutralización por parte de los anticuerpos). Hasta ahora esta mutación ha aparecido varias veces en forma independiente y ha generado clusters de casos en Bristol y el sur oeste de Inglaterra. Sin embargo el número de casos es bajo.

¿Qué tan importante es la secuenciación del virus para el desarrollo de vacunas?

Secuenciar es un esfuerzo absolutamente integrado con el desarrollo de vacunas. Y vamos a necesitar seguir secuenciando en el futuro previsible para adaptar nuestras vacunas y mantenerlas efectivas. En el futuro va a haber nuevas variantes y vamos a tener que adaptar nuestra respuesta a ellas.  Secuenciar y desarrollar vacunas van a ser actividades asociadas clave. Y sospecho que seguirá siendo así a lo largo de mi vida y también para delante. Lo preocupante es que no tenemos cobertura global y no estamos mirando globalmente la aparición de nuevas variantes.

¿Cree que esto será como la vacuna contra la influenza, algo que se pone todos los años, dependiendo de cuánto dure la inmunidad?

Sí, bastante similar. Pero este virus podría también ser un poco menos predecible e implicar más que una sola vacuna de refuerzo al año. El SARS-CoV-2 podría perfeccionar sus características y la diversidad de combinaciones y transformarse en algo más complejo que la gripe. También sabemos que la inmunidad disminuye con el tiempo. Por lo tanto, tendremos que pensar en estrategias a largo plazo con este virus.

Este artículo fue publicado originalmente por The Conversation. Lea aquí el original. CIPER lo difunde en el marco del acuerdo que ambos medios tienen para divulgar investigación académica en formato accesible para todo el público.